所得が減少して控除額の上限が下がった

前年に比べて所得が減少すると、ふるさと納税の控除の上限額も下がります。
転職や収入の変化があった場合、前年の計算通りに寄附してしまうと一部の金額が控除されず、損をしてしまうことがあります。

住民税からの控除を想定していたが、所得税からの控除が適用されていた

ワンストップ特例制度を適用した場合、寄附した金額に応じた控除額が翌年度の住民税から差し引かれます。
一方、確定申告書を提出した方は、所得税からも控除されますので、「住民税があまり減っていない」と感じる場合があります。
ワンストップ特例と確定申告のどちらで手続きしても、トータルの節税効果は同じです。
しかし、確定申告を行った場合は控除の反映時期が異なるため、手続き方法を変えた年は注意してください。